Родился в 1972 году в Новосибирске. В 1995 году закончил Московскую государственную юридическую академию. До прихода на пост президента ММВБ руководил российским бизнесом ИК «Ренессанс Капитал», отвечая за расширение и укрепление взаимоотношений с ключевыми клиентами, курируя связи с общественностью и взаимодействие с органами государственной власти.

В 2002–2003 годах Рубен Аганбегян – управляющий директор по проектному финансированию инвестиционной компании Тройка Диалог, руководитель инвестиционно-банковского управления.

С 1997 по 2002 год – соруководитель Credit Suisse First Boston в России. В 90-е годы работал в компаниях PriceWaterhouse, Clifford Chance и Credit Suisse Financial Products (Москва).