Евгения Завалишина вошла в состав топ-менеджеров «Яндекса» в 2000 году в качестве директора по проектам. При ее активном участии «Яндекс» стал лидирующим российским порталом, известным не только своей поисковой системой, но и другими сервисами (поиск по новостям и товарам, почта, бесплатный хостинг и т. д.). С 2005 года Евгения Завалишина возглавляет дочернюю компанию «Яндекса» – электронную платежную систему «Яндекс.Деньги».

Система «Яндекс.Деньги» интенсивно развивается все годы существования и сейчас является важным инфраструктурным сервисом российского Интернета. Сегодня оплату «Яндекс.Деньгами» принимают несколько тысяч интернет-магазинов.

В сферу профессиональных интересов Евгении входят розничные платежи, электронная коммерция, безопасность онлайн-платежей и регулирование электронных денег. Она занимается активной пропагандой электронных денег, регулярно участвует в различных конференциях, семинарах и круглых столах по этой теме, читает лекции в вузах. В начале 2000-х она стала соавтором «Интернетско-русского разговорника» – одной из первых книг о ключевых событиях и героях российского Интернета.